課程資訊
課程名稱
計算與系統生物學特論(一)
Advances in Computational and Systems Biology (I) 
開課學期
108-1 
授課對象
電機資訊學院  生醫電子與資訊學研究所  
授課教師
阮雪芬 
課號
LS5096 
課程識別碼
B21 U2400 
班次
 
學分
2.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期三7,8(14:20~16:20) 
上課地點
生科4C 
備註
總人數上限:20人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1081LS5096_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

自人類基因體解碼後,各種人體基因和蛋白體數據的產生,已經無法由傳統生物學的研究模式解析生命的複雜,以及疾病發生的原因。取而代之的是一個分析巨量資料時代的來臨。各種檢驗的影像和體學的醫療數據,都需要仰賴生醫資訊和人工智慧進行探勘和建立預測模型,以期能給病人更佳的診斷和治療。此課程主要著重在探究最新的計算與系統生物學的工具和研究課題。 

課程目標
學生將學會計算生物學的技能,瞭解各種體學的技術、分析方法和工具,學習系統生物學最新的知識。 
課程要求
基本計算分析能力或已修生化分生課程。 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
Science, Nature, Cell相關頂尖期刊中關於計算與系統生物學的文章。 
參考書目
 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
9/11  課程簡介 (Seurat and singleR) 
第2週
9/18  基因體學實驗技術前沿一
News: 阮雪芬
paper:高翊竣--改到1/8
Progress report:游文萱 
第3週
9/25  蛋白體學實驗技術前沿一 (MaxQuant) 
第4週
10/02  蛋白體學實驗技術前沿二 (Docking) 
第5週
10/09  基因體學數據分析方法一
Highlight:謝巧慧
Paper:葉襄凝
Progress report:張怡雯 
第6週
10/16  基因體學數據分析方法二
Highlight:張皓鈞
Paper:李律
Progress report:謝巧慧 
第7週
10/23  基因體學研究實例一
Highlight:王薇瑄
Paper:林芳榆
Progress report:王薇瑄 
第8週
10/30  蛋白體學數據分析方法一 (Icy) 
第9週
11/06  蛋白體學數據分析方法二 (Machine learning) 
第10週
11/13  David Chan visiting 
第11週
11/20  基因體學研究實例二
Highlight:鄞偈帆
Paper:陳凱普
Progress report:游佩蓁 
第12週
11/27  蛋白體學研究實例一
Highlight:游佩蓁
Paper:張庭毓
Progress report:鄞偈帆,張海妍 
第13週
12/04  蛋白體學研究實例二
Highlight:游文萱
Paper:謝巧慧
Progress report:張皓鈞,范雅智 
第14週
12/11  代謝體學實驗技術前沿
Highlight:范雅智
Paper:許鈺瀅
Progress report:陳凱普 
第15週
12/18  代謝體數據分析方法
15:30 到化學系松柏講堂聽演講
Title: Molecular machines that make membranes
黃晨豪同學3:10要結束演講
Highlight:黃晨豪
Paper:黃晨豪
移到12/17報告
Progress report:高翊竣 
第16週
12/25  代謝體數據研究實例
Highlight:陳凱普
Paper:游佩蓁
Progress report:黃振綜 
第17週
1/01  元旦放假 
第18週
1/08  期末討論
Highlight:高翊竣
Progress report:(陽明)陳應元,黃莉婷
Paper:高翊竣